La fiabilité du traitement des informations budgétaires et financières et la qualité comptable supposent la mise en place d’un dispositif de contrôle interne comptable visant à identifier et maîtriser les risques liés à la tenue des comptes de la comptabilité générale. Le contrôle interne s’appuie d’abord sur des procédures instituées par les services opérationnels pour la saisie de leurs opérations, il est intégré à l’activité quotidienne du service (gestionnaire ou comptable). Ensuite, il convient de créer des cellules de qualité comptable, placées auprès de chaque comptable et chargées à la fois d’évaluer la pertinence des contrôles internes effectués par les services ainsi que de leur apporter une aide. Par ailleurs, le service comptable de l’Etat opère également un contrôle de la qualité des comptes cette fois au plan national il a des fonctions de surveillance, de conseil et d’information. Ce dispositif de contrôle interne peut être consolidé par des missions d’audit interne dont l’objectif est d’évaluer la qualité comptable. Le contrôle interne comptable est don évalué de manière constante par les agents ainsi que par l’audit interne. Cette procédure permet de compléter et de préciser la cartographie des risques et les plans d’action comptable des ministères et de chaque comptable