Le « programme » au sens de la GBO est plus spécifique que le sens que l’on donne couramment à ce mot. Dans le cadre de la GBO, le « programme » est un regroupement de crédits destinés à mettre en oeuvre un ensemble cohérent d’activités d’un ministère, poursuivant une même finalité et placées sous la responsabilité d’un cadre supérieur, « responsable de programme » avec lequel pourra être engagé un « dialogue de performance ». A chaque programme sont associés des objectifs spécifiques, des indicateurs et des cibles chiffrées de performance, dont la réalisation effective sera évaluée. Un programme peut englober plusieurs services administratifs et même plusieurs directions générales ; il peut aussi correspondre à une partie de service seulement.