Le contrôle interne est un dispositif différent de celui du contrôle de gestion car il n’a pas pour objet direct de parvenir à atteindre les objectifs fixés aux gestionnaires bien qu’il en soit un facilitateur. Il ne s’agit pas non plus d’un contrôle-vérification. Le contrôle interne procède d’une logique de contrôle-régulation visant à maîtriser les risques du système. Il participe des instruments de pilotage. Il n’est pas effectué de l’extérieur de l’institution mais il lui est au contraire complètement intégré, il lui est inhérent et se pratique de façon permanente. Les risques qu’il s’agit de prévenir concernent aussi bien une bonne application des règles en vigueur que la bonne réalisation des objectifs à atteindre. Le contrôle interne est également différent de l’audit interne qui est un dispositif qui évalue la qualité du contrôle interne et propose les corrections nécessaires à son amélioration et à son renforcement. On distingue par ailleurs le contrôle interne budgétaire et le contrôle interne comptable sachant que ces deux types de contrôle se complètent et s’articulent.